Han pasado cuatro años desde que se presentó una declaración tributaria y surge una pregunta aparentemente sencilla: ¿podemos eliminar las facturas y el resto de documentación de ese ejercicio?
La respuesta no siempre es afirmativa.
El plazo general de prescripción tributaria es de cuatro años, pero no debe confundirse con el periodo durante el cual determinados datos, créditos fiscales, deducciones o bases negativas pueden seguir produciendo efectos fiscales y, por tanto, estar sujetos a comprobación.
Este matiz es especialmente importante para las empresas, porque conservar únicamente la documentación correspondiente a los últimos cuatro años puede resultar insuficiente en determinadas situaciones.
Los cuatro años de prescripción no significan que pueda destruirse toda la documentación
El artículo 66 de la Ley General Tributaria (LGT) establece, con carácter general, un plazo de prescripción de cuatro años para distintos derechos de la Administración y del obligado tributario. Entre ellos se encuentra el derecho de la Administración a determinar la deuda tributaria mediante la correspondiente liquidación.
Sin embargo, una cosa es que haya prescrito el derecho de la Administración a liquidar un determinado ejercicio y otra diferente que los datos generados en ese ejercicio hayan dejado de tener consecuencias fiscales.
Hay cantidades que nacen en un ejercicio y se aplican o compensan durante los siguientes. En estos casos, el ejercicio de origen puede estar prescrito y, aun así, determinados elementos de aquel periodo continuar siendo relevantes para una declaración posterior que todavía no haya prescrito.
Por ello, la prescripción de un ejercicio no implica automáticamente que pueda eliminarse toda la documentación relacionada con él.
Atención: antes de destruir documentación fiscal antigua conviene comprobar si alguna base, cuota, deducción, crédito fiscal u otro elemento generado en ese ejercicio continúa produciendo efectos en ejercicios posteriores.
Determinados créditos fiscales pueden comprobarse durante diez años
La Ley General Tributaria establece un régimen específico para determinadas partidas.
El artículo 66 bis dispone que el derecho de la Administración para iniciar la comprobación de bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y deducciones aplicadas o pendientes de aplicación prescribe a los diez años.
El cómputo de este plazo comienza desde el día siguiente a aquel en que finaliza el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación correspondiente al ejercicio o periodo en el que nació el derecho.
Estamos, por tanto, ante un plazo muy diferente de los cuatro años que habitualmente se asocian a la prescripción tributaria.
La consecuencia práctica es clara: si una empresa conserva un crédito fiscal para aplicarlo en ejercicios posteriores, debe conservar también la documentación necesaria para acreditar su existencia y correcta determinación.
Atención: los diez años no se cuentan simplemente desde la fecha de la factura o desde el cierre del ejercicio. La referencia legal es la finalización del plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación en la que se generó el derecho correspondiente.
Las bases imponibles negativas: un ejemplo especialmente relevante
Las bases imponibles negativas (BIN) del Impuesto sobre Sociedades permiten entender perfectamente la importancia de esta cuestión.
Una sociedad puede generar pérdidas fiscales en un ejercicio y utilizar esas bases imponibles negativas para reducir bases imponibles positivas de ejercicios posteriores, dentro de los requisitos y límites establecidos por la normativa.
Esto significa que una cantidad generada hace años puede seguir teniendo consecuencias fiscales mucho tiempo después.
La Administración dispone de un plazo de diez años para iniciar la comprobación de estas bases imponibles negativas en los términos establecidos por el artículo 66 bis de la LGT.
Además, el TEAC, en su Resolución 7028/2022, ha puesto de manifiesto una cuestión especialmente importante desde el punto de vista probatorio: durante ese plazo, el contribuyente debe conservar no solo las autoliquidaciones y los libros contables, sino también los soportes documentales de las operaciones reflejadas en ellos que permitan justificar la procedencia de las BIN.
En otras palabras, que una pérdida esté correctamente registrada en la contabilidad no significa necesariamente que su realidad y procedencia estén suficientemente acreditadas.
Las facturas, contratos, justificantes bancarios y demás documentación que permita demostrar las operaciones que originaron la base imponible negativa pueden resultar determinantes si la Administración realiza una comprobación años después.
Atención: una anotación contable no siempre sustituye a la documentación que acredita la operación que la origina.
¿Qué ocurre cuando han transcurrido los diez años?
Aquí también es necesario introducir un matiz.
Una vez transcurrido el plazo especial de diez años, la Administración pierde la posibilidad de iniciar la comprobación de determinadas bases, cuotas o deducciones en los términos previstos en el artículo 66 bis.2 de la LGT.
Pero esto no significa necesariamente que toda la documentación pueda eliminarse si el contribuyente continúa utilizando esas cantidades en ejercicios posteriores.
El propio artículo 66 bis contempla que, una vez transcurrido ese plazo y salvo que la normativa específica establezca otra cosa, subsiste la obligación de aportar las liquidaciones o autoliquidaciones correspondientes y la contabilidad cuando esas partidas se utilizan en ejercicios no prescritos.
En el caso de las bases imponibles negativas, el TEAC también ha destacado la importancia de acreditar el depósito de la contabilidad en el Registro Mercantil durante el plazo correspondiente.
Por tanto, el décimo aniversario tampoco debe interpretarse como una fecha automática para vaciar el archivo documental de la empresa.
Atención: antes de eliminar documentación relacionada con créditos fiscales pendientes de aplicación, conviene comprobar qué documentación sigue siendo necesaria para poder acreditar y hacer valer esos derechos.
¿Y qué ocurre con el IVA?
Esta cuestión tampoco se limita al Impuesto sobre Sociedades.
En el IVA puede suceder que una empresa genere un saldo a compensar y lo vaya trasladando a periodos posteriores. Aunque la autoliquidación en la que nació ese saldo sea antigua, el crédito fiscal continúa produciendo efectos cuando se incorpora a declaraciones posteriores.
La cuestión vuelve a ser la misma: no debe confundirse la imposibilidad de practicar una nueva liquidación sobre un periodo prescrito con la posibilidad de comprobar el origen de un crédito fiscal que continúa teniendo efectos en un periodo posterior.
Además, el artículo 66 bis no se refiere únicamente a las bases imponibles negativas. También contempla bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y deducciones aplicadas o pendientes de aplicación, estableciendo para su comprobación el plazo especial de diez años.
Atención: las empresas que mantienen saldos de IVA a compensar deberían extremar la precaución con su archivo documental. Que la autoliquidación original tenga más de cuatro años no significa, por sí solo, que la documentación haya dejado de ser relevante.
Comprobar un dato antiguo no significa reabrir necesariamente un ejercicio prescrito
Esta distinción puede generar cierta confusión.
¿Cómo puede la Administración examinar algo ocurrido hace más de cuatro años si el ejercicio ya ha prescrito?
La respuesta está en diferenciar dos actuaciones: comprobar el origen de una cantidad que continúa produciendo efectos fiscales y volver a liquidar el ejercicio en el que esa cantidad se generó no son necesariamente la misma actuación.
La LGT diferencia el derecho a liquidar de determinadas facultades de comprobación e investigación. El artículo 66 bis establece precisamente que la prescripción de los derechos contemplados en el artículo 66 no afecta, con las limitaciones previstas en el propio precepto, al derecho de la Administración a realizar determinadas comprobaciones e investigaciones.
Por ello, la prescripción de un ejercicio no convierte automáticamente en inalterable cualquier dato procedente de ese periodo cuando dicho dato continúa teniendo consecuencias tributarias en ejercicios posteriores.
Atención: que la Administración compruebe el origen de un elemento fiscal antiguo no significa necesariamente que pueda volver a liquidar el ejercicio de origen. Son cuestiones diferentes y están sometidas a límites distintos.
La contabilidad por sí sola puede no ser suficiente
Este es uno de los aspectos con mayor importancia práctica.
Imaginemos una sociedad que conserva sus libros contables y sus declaraciones tributarias, pero que ha eliminado las facturas, contratos y demás justificantes porque habían transcurrido cuatro años.
Años después, la sociedad pretende compensar una base imponible negativa de importe significativo. Si la Administración todavía se encuentra dentro del plazo legal para comprobar dicha base, puede ser necesario demostrar las operaciones que dieron lugar a ella.
El criterio del TEAC pone el foco precisamente en esta cuestión: dentro del plazo correspondiente deben conservarse las autoliquidaciones, los libros de contabilidad y los soportes documentales de las operaciones.
Por tanto, si estos últimos no pueden aportarse, el contribuyente puede encontrarse con dificultades para acreditar la procedencia de las bases imponibles negativas declaradas.
Atención: conservar el Impuesto sobre Sociedades y eliminar las facturas que justifican sus cifras puede dejar a la empresa con una declaración correctamente archivada, pero sin la documentación necesaria para acreditar determinadas cantidades.
El plazo mercantil también debe tenerse en cuenta
La prescripción tributaria no es el único criterio que debe utilizarse para establecer una política de conservación documental.
El Código de Comercio establece sus propias obligaciones respecto de la conservación de libros, correspondencia, documentación y justificantes relacionados con el negocio.
Por ello, una política de archivo empresarial no debería diseñarse exclusivamente a partir de los plazos fiscales.
Puede existir una obligación tributaria, otra mercantil y, además, razones contractuales, societarias o procesales que aconsejen conservar determinados documentos durante un periodo superior.
El error está en buscar una única cifra que sirva para toda la documentación de la empresa.
Atención: no existe un plazo universal que permita afirmar que toda la documentación empresarial puede destruirse en una misma fecha. El periodo de conservación dependerá de la naturaleza del documento y de los efectos jurídicos o fiscales que todavía pueda producir.
Hay documentación que puede ser necesaria durante mucho más tiempo
Las bases imponibles negativas y los saldos fiscales pendientes son ejemplos claros, pero no son los únicos.
Bienes de inversión, amortizaciones, determinadas deducciones, subvenciones, operaciones con efectos en varios ejercicios o contratos de larga duración pueden requerir consultar documentación correspondiente a periodos muy anteriores.
Y no debemos olvidar que, fuera del ámbito estrictamente tributario, pueden existir procedimientos judiciales, reclamaciones, garantías o responsabilidades que hagan necesario conservar determinados documentos durante más tiempo.
Por ello, establecer una política de eliminación automática basada únicamente en la antigüedad de los documentos puede llevar a eliminar precisamente la documentación que la empresa necesitará utilizar como prueba años después.
Atención: cuanto más prolongados sean los efectos fiscales, contables o jurídicos de una operación, menos recomendable resulta aplicar una eliminación automática basada únicamente en la antigüedad del documento.
Una política documental por categorías es más segura que la regla de los cuatro años
En la práctica, una opción más adecuada consiste en clasificar la documentación en función de los efectos que pueda seguir produciendo.
Por un lado, estarán los documentos sujetos únicamente a los plazos ordinarios. Por otro, la documentación relacionada con bases imponibles negativas, cuotas pendientes, deducciones u otros créditos fiscales que puedan utilizarse posteriormente.
Y, además, habrá documentación vinculada a operaciones que, por sus características, requiera un periodo de conservación superior.
Esta clasificación permite establecer un calendario de conservación mucho más fiable que aplicar una regla general de cuatro años y eliminar después todos los documentos de forma indiscriminada.
En un entorno cada vez más digitalizado, además, conservar documentación no significa simplemente acumular archivos. También es importante que puedan localizarse, relacionarse con la operación correspondiente y recuperarse cuando sea necesario.
Atención: conservar no significa únicamente guardar. Una factura almacenada durante diez años, pero que después no pueda relacionarse con la operación, contrato o asiento que pretende justificar, puede perder buena parte de su utilidad probatoria.
¿Qué debería revisar una empresa antes de destruir documentación?
Antes de realizar una eliminación periódica de documentos, conviene revisar, al menos, los siguientes aspectos:
- Qué ejercicios están realmente prescritos.
- Si existen elementos generados en esos ejercicios que continúan produciendo efectos fiscales.
- Si hay bases imponibles negativas pendientes o utilizadas posteriormente.
- Si existen cuotas o saldos fiscales pendientes de compensación.
- Si existen deducciones aplicadas o pendientes de aplicación.
- Si hay bienes de inversión, contratos, subvenciones u otras operaciones cuyos efectos se prolonguen durante varios ejercicios.
- Si existe algún procedimiento, reclamación, garantía o circunstancia jurídica que aconseje conservar la documentación durante más tiempo.
- Si la documentación conservada permite acreditar realmente las operaciones que dieron origen a los importes declarados.
En definitiva, la pregunta no debería ser simplemente «¿han pasado cuatro años?».
Una pregunta mucho más útil es:
«¿Este documento sigue acreditando algo que todavía puede tener consecuencias fiscales, contables o jurídicas?»
Si la respuesta es sí, eliminarlo puede ser prematuro.
La correcta gestión documental no consiste, por tanto, en conservarlo todo indefinidamente, pero tampoco en aplicar de forma automática la regla de los cuatro años. La clave está en identificar qué documentos siguen teniendo valor probatorio y durante cuánto tiempo pueden seguir siendo relevantes.

